Mitokondrioiden geneettinen koodi cestodeissa (2023)

Tämän tutkimuksen tavoitteena oli määrittää molekyylien ominaisuudetEchinococcus granulosussensu lato koirien ulostenäytteistä ja hydatid-kysta naudan, kamelin, nautakarjan ja lampaiden maksasta sekä Hydatid-kystin immuunidiagnoosi ihmisen seeruminäytteistä Gazan kaistalta Palestiinasta. Yhteensä 38 ulostenäytettä kerättiin tilojen ja paikallisten toreiden läheltä, joissa kulkukoiria ryhmittyi. Teurastuksen jälkeen naudan, kamelin, nautakarjan ja lampaiden maksat tutkittiin kystien varalta. Kun 30 epäiltyä hydatid-kystaa kerättiin, kunkin maksan kystojen lukumäärä ja koko kirjattiin. Serologiaa varten Gazan alueen viljelijöiltä kerättiin 23 seeruminäytettä. Gazan sairaalatietojen mukaan 12 potilasta oli käynyt kolmessa eri sairaalassa, ja heillä oli CT-skannauksilla ja histopatologialla todettu hydatidinen kysta/kystinen ekinokokoos. ELISA-tulokset 23 ihmispotilaalta osoittivat, että 3/23 (13 %) oli positiivinen hydatid-taudin suhteen. 30:stä nauta- ja nautakarjasta, joissa oli kysta, 14/30 (46,6 %) oli positiivisia hydatid-kysta/kystisen ekinokokoosin suhteen, joista 23 (76,7 %) oli miehiä ja 7 (23,3 %) naisia. Tämä tutkimus osoittaa, että 6/38 (15,7 %) oli positiivisiaE. granulosussensu lato koirien ulosteanalyysistä. Sekä koirien että nautojen myöhempi sekvensointi vahvisti G1-kannan aiheuttaman infektion. Nauta/koira-kanta (G1)E.granulosussensu lato ehdottaa, että tämä infektio on levinneisyydeltään kosmopoliittinen. Johtopäätöksenä on, että lääkäreiden keskuudessa tulisi harkita hydatidikysta/kystisen ekinokokoosin havaitsemista tutkituista isännistä, joko ihmisistä tai eläimistä, ja suuren otoksen kokoa suositellaan tulevassa tutkimuksessa.

Ekinokokkoosi on vakava zoonoottinen, hengenvaarallinen loistauti, jonka aiheuttavatEchinococcusspp., ja asianmukaisia ​​herkkiä diagnoosi- ja genotyypitystekniikoita tarvitaan infektioiden havaitsemiseksi ja infektioiden geneettisen karakterisoinnin tutkimiseksi.Echinococcusspp. eristää. Tässä tutkimuksessa kehitettiin yhden putken sisäkkäisen PCR (STNPCR) -menetelmä ja arvioitiinEchinococcusspp. DNA perustuuCOIgeeni. STNPCR oli 100 kertaa herkempi kuin tavanomainen PCR ja osoitti saman herkkyyden tavalliselle sisäkkäiselle PCR:lle (NPCR); mutta pienempi ristikontaminaation riski. Kehitetyn STNPCR-menetelmän havaitsemisrajaksi arvioitiin 10 kopiota/μl rekombinanttistandardiplasmideja.Echinococcusspp.COIgeeni. Kliinisessä sovelluksessa 8 kystakudosnäytettä ja 12 kalkkikudosnäytettä analysoitiin tavanomaisella PCR:llä ulko- ja sisäalukkeilla ja tuloksena saatiin 100,00 % (8/8) ja 8,33 % (1/12), 100,00 % (8/8) ja 16,67 % (2/12) positiivisia reaktioita, vastaavasti, kun taas STNPCR ja NPCR pystyivät kaikki tunnistamaan genomisen DNA:n läsnäolon 100,00 %:ssa (8/8) ja 83,33 %:ssa (10/12) samoista näytteistä. Korkean herkkyytensä ja ristikontaminaation eliminointimahdollisuutensa ansiosta STNPCR-menetelmä soveltui epidemiologisiin tutkimuksiin ja tunnusomaisiin geneettisiin tutkimuksiin.Echinococcusspp. kudosnäytteitä. STNPCR-menetelmällä voidaan tehokkaasti monistaa alhaisia ​​genomisen DNA:n pitoisuuksia kalkkeutumisnäytteistä ja kystajäännöksistä, jotka ovat infektoituneetEchinococcusspp. Myöhemmin saatiin positiivisten PCR-tuotteiden sekvenssit, jotka olivat hyödyllisiä haplotyyppianalyysissä, geneettisessä monimuotoisuudessa ja evoluutiotutkimuksissa.Echinococcusspp., ja ymmärrystäEchinococcusspp. levittäminen ja välittäminen isäntien kesken.

Kystinen ekinokokkoosi (CE) on tärkeä zoonoosi, jonka aiheuttaa toukkamuotoEchinococcus granulosus laajassa merkityksessä. Tämän tutkimuksen materiaalina oli harmaa susi (Canis lupus), joka löydettiin kuolleena Turkin Bingolin maakunnan maaseudulta. Eläin tuotiin eläinlääketieteelliseen tiedekuntaan ruumiinavaukseen ja monet aikuisetEchinococcusspp. saatu. Yhteensä 9 kokonaista aikuista matoa tutkittiin morfologisesti mikroskoopilla, yksittäisistä näytteistä eristettiin gDNA, osittainen mt-CO1-geenifragmentti (875 bp) monistettiin PCR:llä ja sekvensoitiin. Fylogeneettisen analyysin mukaan kuusi matoa luonnehdittiinE. equinus, kun taas kolme ilmoitettiin nimelläE. canadensis(G6/7). Todettiin, että molempien lajien haplotyypit olivat samanlaisia ​​kuin aiemmin julkaistut haplotyypit. Tämä on ensimmäinen raportti, jossaE. equinusjaE. canadensis(G6/7) aikuisia loisia havaittiin yhdessä harmaan suden suolesta.Löydökset ovat tärkeitä, koska ne kiinnittävät huomion villin syklin merkitykseen CE:n leviämisessä.

Kystisen ekinokokoosin (CE) diagnosointia serologisilla määrityksillä vaikeuttaa loisten läsnäolo, jotka ovat läheisiäEchinococcus granulosus laajassa merkityksessä(s.l.), jotka ovat vastuussa zoonoottisesta taudista ja joilla on yhteisiä ristireagoivia antigeenejä. Siten parannuksia luonnehdinnassaEchinococcusspesifisiä antigeenejä, jotka ilmentyvät toukkavaiheessa, tarvitaan, jotta saadaan hyödyllistä tietoa immunologisten määritysten kehittämistä varten lampaiden CE:n serodiagnosointia varten. Tässä on hydatid-kystanesteiden (HF) proteomiEchinococcus granulosus(hydraattineste,EsimHF) ja muut lampaan loiset kystanesteet (CFs),Taenia hydatigena(ThCF) jaTaenia multiceps(TmCF) analysoitiin haulikon proteomisen lähestymistavan avulla.Loisten ja isäntäproteiinien profiilit kolmen tyyppisissä kystanesteissä karakterisoitiin ja verrattiin. Tunnistettujen proteiinien joukossa differentiaaliset loismerkkiaineet, joilla oli serodiagnostista potentiaalia, johtuen niiden hyvin tunnetusta immunoreaktiivisuudesta ihmisessä, sisälsivät Ag5:n, AgB-proteiinit, 8 kDa:n glykoproteiinit, hydatid-taudin diagnostisen antigeenin P29 ja tärkeimmän muna-antigeenin P40. Erityisesti seitsemän AgB:n ja 8 kDa:n glykoproteiinin proteomuotoa olivat lupaavimpia diagnostisia biomarkkereita, koska ne saattoivat ennustaa CE:tä lampaissa ja erottaa erityyppisiä loisia.

Yhteensä 13 metacestodia kerättiin keuhkoista ja parietaalista keuhkopussia punahirvihirven (Mazama amerikka) Perun Amazonista. Kaikki metacestodit tunnistettiin cysticerciksiTaenia omissamorfologisilla ja molekyylianalyysillä. Sytokromi c oksidaasin alayksikön 1 sekvenssit uudesta isolaatistaT. omissaoli yli 96,8 % identtinen muiden aiemmin sekvensoitujen lajien perulaisten isolaattien kanssa. Pienemmät yhtäläisyydet (93,8–95,8 %) varmistettiin Perun ja Kanadan isolaattien välillä. Tämä havainto lisää uuden väliisännänT. omissaja laajentaa myös maantieteellistä levinneisyyttään.

E. multiloculariksen esiintyvyys on suuri kansanterveysongelma Kiinassa. Jotta E. multilocularis -bakteerin molekyyliepidemiologiaa ja evoluutiomalleja voitaisiin ymmärtää paremmin, tarvitaan riittävä tietoaineisto tämän loisen geneettisestä varianssista. Toistaiseksi saatavilla olevat E. multilocularis -bakteerin geneettiset tiedot ovat kuitenkin edelleen riittämättömiä. Tutkimuksessa EmsB-mikrosatelliitti ja osittainen mitokondriaalinen cox1-geeni yhdistettiin tutkimaan 64 ihmisestä, koirista ja myyristä peräisin olevan E. multilocularis -näytteen geneettistä monimuotoisuutta. Nämä näytteet kerättiin Länsi-Sichuanin tasangolta, missä alveolaarisen ekinokokoosin esiintyvyys ihmisillä oli kylissä korkein maailmanlaajuisesti. Tutkimuksen tavoitteena on kerätä informatiivisempaa geneettistä tietoaE. multilocularisalueilla, erityisesti niillä, jotka on saatu käyttämällä EmsB-merkkiä. Mikrosatelliittianalyysi paljasti 7 erilaista EmsB-profiilia, joista yksi löytyi 90,63 %:sta kaikista kolmesta isännästä kerätyistä näytteistä. Tämä pääprofiili oli identtinen samalla alueella 16 vuotta sitten havaitun kanssa. Loput 6 profiilista, joista kutakin edustaa vain yksi isolaatti, eivät vastanneet mitään aiemmin raportoiduista profiileista. Kaikki tutkimuksessa havaitut profiilit kuuluivat Aasian klusteriin. Sillä välin 758 bp:n sekvenssianalyysin mukaancox1alueella, isolaattien joukosta havaittiin 4 haplotyyppiä, jotka kaikki oli osoitettu Aasian kladiin. Tähden kaltainen haplotyyppiverkko esitettiin keskeisesti sijoitetun haplotyypin kanssa, joka löydettiin 93,75 %:sta näytteistä. Sekä haplotyypin että nukleotidien kokonaisdiversiteetti oli alhainen. Nämä havainnot antoivat todisteita perustajatapahtumasta tai pullonkaulasta ja sitä seuranneesta populaation laajentumisesta E. multilocularis -bakteerissa. EmsB-profiilit eivät olleet täysin yhdenmukaisiacox1haplotyypit. Sama vastaavuussuhde havaittiin pääasiassa näytteissä, joilla oli pääprofiili P5 ja päähaplotyyppi EmHa1. Yhteensä 54 isolaattia, jotka oli määritetty profiiliin P5, luokiteltiin EmHa1-haplotyyppiin. Yhteenvetona voidaan todeta, että sekä mikrosatelliitti- että mtDNA-markkerit osoittivat vähäistä vaihtelua E. multilocularis -bakteerin tiibetiläisessä populaatiossa. EmsB-profiilin ja cox1-haplotyypin havaittiin vallitsevan tutkimusalueella, joka näyttää pysyvän vakaana yli vuosikymmenen. Tulokset vahvistavat mikrosatelliitin DNA-markkerin korkeampaa potentiaalia, jolla on suuri erottelukyky tunnistaa erittäin alhainen geneettinen polymorfismi.E. multiloculariskuin osittaisencox1jaksotus. Tutkimuksessa saadut tiedot auttaisivat laajentamaan tietopankkia E. multiloculariksen mahdollisen alkuperän ja leviämisen tutkimiseksi Kiinassa.

Pienmärehtijätutkimus, osa 152, 2017, s. 162–165

Tämän katsauksen tavoitteena on kuvata systemaattisesti ultraäänitutkimuksen mahdollisia käyttökohteita lampaiden loissairauksien diagnosoinnissa ja kommentoida sen mahdollista käyttökelpoisuutta parvien terveydenhoidossa. Tekniikkaa on käytetty ensisijaisesti elävien lampaiden hydatid-taudin diagnosoimiseen kuvaamalla vaurioita sairastuneiden eläinten maksassa ja/tai keuhkoissa; tällä voi olla potentiaalista arvoa parvien terveydenhoidossa, koska muut taudin diagnosointimenetelmät eivät ehkä ole parantaneet diagnostista tarkkuutta. Lisäksi tekniikkaa on käytetty diagnosointiinfasciolainfektio, duktaalivaiheen aikana sekä coenuroosin diagnosointiin. Johtopäätöksenä on, että sonoparasitologiaa tulisi pitää diagnostisena mahdollisuutena, jolla on arvokasta käyttöä lampailla.

Trends in Parasitology, osa 36, ​​numero 5, 2020, s. 427–434

Kystisen ekinokokoosin (CE) hallinta perustuu keskeyttämiseenEchinococcus granulosus laajassa merkityksessäleviäminen koirien ja karjan interventioiden kautta. Kuitenkin ensisijaiset ehkäisytoimenpiteet, joiden tarkoituksena on välttää nieleminenEchinococcusmunat voivat auttaa vähentämään ihmisen CE-taakkaa. CE:n katsotaan yleensä vaihtelevassa määrin ruokavälitteiseksi, mutta matriisien todellisesta kontaminaatiosta ja loisten leviämiseen liittyvistä sosiokulttuurisista tekijöistä on vain vähän näyttöä. Julkaistun kirjallisuuden yleinen arvio viittaa siihen, että ympäristön saastuminen, mahdollisesti kädestä suuhun tarttuvana, voi olla ensiarvoisen tärkeää. Vaikka useimmilla endeemisillä alueilla on saatavilla riittävästi epidemiologista tietoa CE-valvontaohjelmien käynnistämiseksi, tärkeimpien ihmisten tartuntalähteiden tunnistaminen mahdollistaisi paikkakohtaisten toimenpiteiden optimoinnin samalla kun vältetään merkityksettömiä terveyskasvatusviestejä.

Veterinary Parasitology, osa 226, 2016, s. 138–144

Kystinen ekinokokkoosi on loistauti, jonka aiheuttaaEchinococcus granulosus, cestode, jolla on maailmanlaajuista jakelua. Tietoja kiertävästäEchinococcus granulosusKreikan karjan genotyyppejä on vähän. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tehdä 82:n geneettinen analyysiEchinococcus granulosusmärehtijöistä peräisin olevat isolaatiot Kreikassa, mukaan lukien alueet, joita ei ole tähän mennessä tutkittu. Analyysi perustui PCR-määritykseen, joka kohdistui sytokromi-c-oksidaasin alayksikön 1 geeniin (CO1), jota seurasi monistustuotteen kaksisuuntainen sekvenssianalyysi. Kahdeksankymmentä (n=80) 82:sta (97,6 %) isolaatista kohdistettiinEchinococcus granulosussensu stricto (G1-G3) ja luokiteltiin 13 eri haplotyyppiin (9 yleistä ja 4 uutta), joissa oli 12 polymorfista kohtaa. Hallitsevan haplotyypin EG1 läsnäolo, kuten dokumentoitiin Euroopan populaatioissa, osoitettiin maassa. Lähes kaikilla alueilla oli sama yhteinen haplotyyppi. Verrattuna tähän vallitsevaan haplotyyppiin, nukleotidimuutosten lukumäärä kaikissa muissa haplotyypeissä vaihteli välillä 1-5. Kaikki nukleotidimuutokset osoittautuivat siirtymiksi (A↔G tai C↔T). Peloponnesoksen eri alueilla (Arkadia, Ilia) löydettiin kaksi hedelmällistä lammasperäistä hydatidikystaa.Echinococcus canadensis(G7 genotyyppi).

Infection, Genetics and Evolution, osa 89, 2021, artikkeli 104714

Kystinen ekinokokkoosi (CE) on laiminlyöty zoonoosi etenkin alikehittyneissä maissa ympäri maailmaa. Siksi immunisointistrategiat ovat hyödyllisiä infektion estämisessä. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli ennustaa EgMyophiliinin ja sen potentiaalisten B-soluja ja ihmisen leukosyyttiantigeeniä (HLA) sitovien epitooppien ensisijaisia ​​biokemiallisia ominaisuuksia lupaaviksi rokoteehdokkaiksi. Eri verkkopalvelimia käytettiin ennustamaan fysikaalis-kemiallisia, antigeenisiä ja allergeenisia profiileja, transmembraanista domeenia, solunsisäistä lokalisointia, translaation jälkeisiä modifikaatioita (PTM), sekundaari- ja 3D-rakennetta, tertiaarisen mallin tarkennuksia ja validointeja. B-soluja ja HLA:ta sitovia epitooppeja ennustettiin ja seulottiin antigeenisyyden, allergeenisuuden, liukoisuuden (B-solu) tai hydrofobisuuden (T-solu) suhteen. 89,82 KDa:n proteiini oli ei-allergeeninen, hydrofiilinen, stabiili, ja sillä oli parannettu lämmönsietokyky ja 94 translaation jälkeistä modifikaatiokohtaa. Toissijainen rakenne sisälsi 42,94 % alfaheliksiä, 42,82 % satunnaista käämiä ja 41,23 % pidennettyä juostetta. Jalostetun mallin Ramachandran-kaavion tulosten perusteella 96,2 %, 99,5 % ja 0,45 % aminohappotähteistä sisällytettiin puhdistetun mallin suositelluille, sallituille ja äärimmäisille alueille, vastaavasti. Epitooppiseulonnan jälkeen neljällä B-solua ja viidellä HLA:ta sitovalla epitoopilta oli korkein antigeeninen indeksi proteiinisekvenssissä. Tämä artikkeli on lähtökohta lisätutkimuksille ja tarjoaa oivalluksia sopivan rokotteen kehittämiseen CE:tä vastaan. Lisää empiirisiä tutkimuksia tarvitaan käyttämällä EgMyophiliiniä yksin tai yhdessä muiden antigeenien/epitooppien kanssa tulevaisuudessa.

Parasitology International, osa 83, 2021, artikkeli 102285

Ihmisten leviämisen ja karjan kesyttämisen historia on vaikuttanut voimakkaasti zoonoosipatogeenien maailmanlaajuiseen leviämiseen. Porsaan lapamatoTeippipohjaton levinnyt maailmanlaajuisesti neurokystiserkoosin aiheuttajana, joka on yksi vakavimmista laiminlyötyistä trooppisista sairauksista.T. valtaistuimeltaon raportoitu Indonesiassa, mutta vain endeeminen rajoitetuilla alueilla, kuten Balilla ja Papualla. Aiemmat tutkimukset osoittivat Papuassa vahvistetun mitokondrioiden haplotyypin erottuvuuden, mutta tähän mennessä on tutkittu vain yksi isolaatti. Tässä tutkimuksessa geneettinen karakterisointiT. valtaistuimeltaja sikoja Balilla ja Papualla suoritettiin loisen levinneisyyden selvittämiseksi. Mitokondrioiden haplotyyppiverkkoanalyysi osoitti selvästi, että indonesialainenT. valtaistuimeltakäsittää ainutlaatuisen haploryhmän, joka erosi ensimmäisenä aasialaisten genotyyppien välillä, mikä osoittaa sen yksittäisen alkuperän ja sen tosiasian, että sitä ei ole tuotu lähimenneisyydessä muilta Aasian alueilta, joilla se on endeeminen. Vaikka mitokondrioiden D-silmukkaan perustuva fylogeneettinen analyysi paljasti sikojen usean alkuperän Balilla ja Papualla, suurin osa sioista kuului Tyynenmeren klaadille, joka on laajalti hajallaan Kaakkois-Aasian saarella (ISEA) ja Oseaniassa neoliittisen ihmisen leviämisen vuoksi. Verkostoanalyysimme tulosten perusteella on todennäköistä, että Pacific Claden sioilla oli keskeinen rooliT. valtaistuimelta. Tiedot viittaavat siihenT. valtaistuimeltatuotiin Manner-Aasiasta Länsi-Indonesia, mukaan lukien Bali, nykyihmiset myöhään pleistoseenissa tai alku- ja keskiholoseenissa yhdessä Tyynenmeren klade-sikojen kanssa. Uuteen Guineaan saapuminen tapahtui todennäköisimmin holoseenin loppupuolella Tyynenmeren klade-sikojen leviämisen kautta. Ajan myötä,T. valtaistuimeltaon hävitetty suurimmasta osasta Indonesiaa keskiaikaan nykypäivään uskonnollisten ja kulttuuristen käytäntöjen vuoksi.

Veterinary Parasitology, osa 243, 2017, s. 24-28

Hydatid kystatEchinococcus felidison kuvattu virtahevosta (Virtahepo amphibius) Mpumalangan maakunnasta Etelä-Afrikasta. Kuudesta tutkitusta virtaheposta kolmesta löytyi maksahydatideja. Tunnistaminen perustui mitokondrioiden ja tuman DNA-sekvensseihin. Lisäksi analysoitiin rostellarikoukun morfologia. Tämä on ensimmäinen morfologinen kuvaus metacestodistaE. felidisja ensimmäinen molekyylisesti vahvistettu raportti väliisännästäE. felidisEtelä-Afrikassa. Lopullinen isäntäE. felidisEtelä-Afrikassa on leijona (Panthera leo).